Der technologische Sprung über 1000 Megawatt Leistung befeuert die öffentliche Diskussion über die Risiken eines Reaktorunfalls samt Kernschmelze, insbesondere infolge eines Flugzeugabsturzes. Biblis liegt anfangs in einer Tiefflug-Übungsschneise und wird von Kampfjets häufig direkt überflogen. Dennoch hielten Politik und die mit dem Bau beauftragte Firma Siemens das Risiko eines Reaktorunfalls infolge eines Flugzeugabsturzes bei der Planung für vernachlässigbar – aufgrund der geringen Wahrscheinlichkeit eines solchen Ereignisses.

Dementsprechend hält die 60 Zentimeter dicke Stahlbeton-Kuppel von Biblis A nur rund drei Prozent der Belastung stand, die beim Aufschlag eines Kampfjets entstünde. Bei der 80 Zentimeter dicken Kuppel von Block B sind es immerhin 20 Prozent. Erst die massiver geplante Hülle von Block C hätte den Absturz eines Phantom-Kampfjets schadlos überstanden.

Doch gegen den auf 1315 MW ausgelegten Block C regt sich massiver Protest: 55.000 Menschen erheben Einwendungen, darunter rund 1.200 aus Biblis. 23 Städte, Gemeinden sowie drei Landkreise erheben ebenfalls Einspruch. Die Sicherheitsdebatte und der öffentliche Stimmungsumschwung tragen letztlich mit dazu bei, dass die Planungen für Block D im Jahr 1979 eingestellt werden. Im September 1980 zieht RWE den Bauantrag für Block C zurück. Der Streit um die Sicherheit der bestehenden Blöcke geht weiter.

Mehr als 800 Zwischenfälle – im Fachjargon "meldepflichtige Ereignisse" – hat es in den beiden Reaktorblöcken bislang gegeben: So werden z.B. 1976 abgebrochene Schraubenteile im Reaktordruckbehälter entdeckt, die zu einer Rohrverbindung mit den Hauptkühlmittelpumpen gehören. Eine "erhöhte Abgabe radioaktiver Stoffe" ist in den Folgejahren des Öfteren verzeichnet, ebenso Defekte im Kühlsystem oder in der Notstromversorgung. Am 12.10.1981 führt ein Kurzschluss auf einer Stromleitung zwischen Block A und B zum Ausfall der Eigenbedarfsversorgung.

Eine der schwersten Pannen versucht RWE geheim zu halten: Als die Bedienmannschaft den Reaktor im Block A am 16.12.1987 nach Reparaturarbeiten wieder anfährt, entweichen zunächst 150 Liter radioaktives Kühlwasser durch ein überlastetes Ventil ins Kraftwerk. Kurz darauf schließt sich ein Ventil im Kühlmittelkreislauf nicht. Die Kontrollleuchte bleibt auf rot, anstatt auf grün umzuspringen. Ganze 15 Stunden lang ignoriert die Bedienmannschaft das Warnlicht, hält es für einen Anzeigefehler. Als die Mitarbeiter ihren Fehler endlich bemerken, versuchen Sie ihn zu beheben, indem sie ein anderes Ventil kurz öffnen. Eine folgenschwere Fehlentscheidung, deren Auswirkungen im Sicherheitskonzept nicht bedacht sind: Mehr als 100 Liter hochradioaktives Kühlwasser entweichen als heißer Dampf in den Bereich außerhalb des Reaktor-Sicherheitsbehälters. Hätte sich auch dieses Ventil verklemmt, wären große Mengen verseuchten Kühlwassers in die Umwelt gelangt, eine Kernschmelze infolge des Kühlmittelverlustes wäre möglich gewesen. "Wir haben sagenhaftes Glück gehabt“ gab der Darmstädter Reaktorsicherheitsexperte Lothar Hahn dazu im SPIEGEL zu bedenken. Dass der gefährliche Störfall überhaupt in Deutschland bekannt wurde, war intensiven Recherchen des US-Fachmagazins Nucleonics Week zu verdanken.

Eine jahrzehntelang unbemerkte Schlamperei kommt 2006 während einer Revision ans Tageslicht: Tausende Sicherheitsdübel, die im Falle eines Erdbebens die Rohrsysteme sicher an den Wänden halten sollen, waren beim Bau des Kraftwerks falsch montiert worden. Wegen des notwendigen Austauschs von 6800 Dübeln steht Biblis rund ein Jahr lang still.