In der Sicherheitsdikussion um Biblis erhitzten vor allem zwei Aspekte die Gemüter: So war Biblis bis zur Abschaltung 2011 das einzige am Netz befindliche deutsche Atomkraftwerk ohne externe, verbunkerte Notstandswarte zur Steuerung der Reaktoren für den Notfall. Nach Angaben der Bundesregierung hatte RWE zwar bereits 1989 dem Hessischen Umweltministerium zugesagt, eine Notstandswarte in Biblis einzurichten – gebaut wurde sie nie, und bis kurz vor den Atomunfällen in Fukushima auch nicht mehr für nötig befunden: In einem Notfall könne jeder Reaktor vom anderen aus gesteuert werden, versicherte Hessens Umweltministerin Lucia Puttrich (CDU) noch im September 2010: "Die gegenseitige Blockstützung ist vom Sicherheitsstandard her identisch mit einer externen Notstandwarte und mit anderen Systemen zu vergleichen." Landtagsopposition und Atomkraftgegner hielten das für Augenwischerei – auch im Hinblick auf die Gefahr eines Anschlags auf beide Reaktorblöcke: Einem von Terroristen gezielt herbeigeführten Absturz eines Passagierflugzeuges könnten die Betonkuppeln von Biblis nicht standhalten.

Eine erste Gefahr für die Sicherheit seien auch von Terroristen eingesetzte, tragbare Raketenwerfer, berichtet eine von Greenpeace in Auftrag gegebene Untersuchung der Diplom-Physikerin Oda Becker.
Panzerbrechende Waffen sind ihrem Bericht zufolge auf dem Schwarzmarkt erhältlich und können mit Gefechtsköpfen bestückt werden, die nicht nur meterdicken Stahlbeton durchschlagen, sondern auch eine Explosionstemperatur von bis zu 3000 Grad Celsius erreichen. Da sie zudem auf mehrere Kilometer Distanz zielgenau sind und eine schnelle Schussfolge ermöglichen, könnten damit beide Reaktorblöcke unmittelbar nacheinander angegriffen werden.

Noch im November 2010 gab sich Hessens Umweltministerin Puttrich (CDU) bei einem Besuch im Atomkraftwerk überzeugt, dass die bestehenden Sicherheitsmaßnahmen auch im Hinblick auf Terrorangriffe ausreichten: "Das Sicherheitssystem ist so ausgereift, dass zum jetzigen Zeitpunkt keine Änderung notwendig ist". Zudem verwies Gerd Jäger, Vorstand beim Betreiber RWE Power bei einem Pressetermin vor Ort auf drei Vernebelungsanlagen, die um die beiden Reaktorblöcke installiert wurden. Sie sollen im Ernstfall die Reaktorkuppeln einnebeln und so einen gezielten Flugzeugabsturz verhindern.

Im Sicherheitskonzept für Biblis seien auch Angriffe mit tragbaren Raketen berücksichtigt, bekräftigte Puttrich während einer Landtagsdebatte im November 2010: "Ein terroristischer Anschlag mittels solcher Waffen, wie der Panzerabwehrwaffe des genannten Typs, führt nicht zu einer Verletzung der einschlägigen Schutzziele." Auf Details könne sie in der öffentlichen Sitzung aus Sicherheitsgründen jedoch nicht eingehen. Auf die Frage, ob ihr das im Auftrag von Greenpeace erstellte Gutachten bekannt sei, antwortete Puttrich: „Ich kann mich auf das Gutachten, das Sie gerade genannt haben, nicht beziehen.“